España llevó a América —dice el historiador Francisco Guerra— la mejor medicina de su tiempo y una organización sanitaria eficiente. Destaca la institución Protomedicato, que desde 1570 funcionó en todos los territorios conquistados. Consistía en un consejo presidido por un médico con autoridad para examinar y regular el ejercicio de médicos, cirujanos, farmacéuticos y comadronas, inspeccionar boticas y hospitales, informar sobre los fármacos y las aguas del lugar, y establecer cuarentenas en caso de epidemias.
El primer hospital de América lo creó Nicolás de Ovando en Santo Domingo en 1503, y el primero en México lo estableció Cortés en 1521.
Bernardino Álvarez creó en 1567 en México el primer hospital para enfermos mentales. Las mejores instituciones hospitalarias de Hispanoamérica estuvieron gestionadas por la orden de san Juan de Dios. En todas las universidades del continente se instituyeron cátedras de medicina: en 1578 en México, en 1634 en Lima y en 1681 en Guatemala. El primer libro de medicina publicado en América fue Opera medicinalia, de F. Bravo, editado en México en 1570.
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